Po siedmiu miesiącach w ukryciu Karski przeniósł się do Krakowa, gdzie od lutego do września 1941 r. sporządzał raporty z odsłuchu zagranicznych radiostacji, które następnie trafiały do redakcji prasowych. Jak raportował w „Notatce dla Rządu Polskiego” spisanej w Londynie 30 listopada 1942 r., był kierownikiem tzw. komórki „N” przy dowództwie obszaru krakowskiego. W ramach akcji „N” wydawano tysiące egzemplarzy antyniemieckich druków miesięcznie naśladujących druki niemieckie, jednak ze zmienioną treścią. W czasie pobytu w Krakowie Karski utrzymywał bliskie kontakty z Józefem Cyrankiewiczem, którego był „podskakiewiczem”, jak wyznał w jednym z wywiadów. Z dumą pracował także dla niego, pisząc od czasu do czasu artykuły na jego prośbę. 

W październiku 1941 r. Karski przeniesiony został do Biura Informacji i Propagandy AK, gdzie sporządzał sprawozdania dotyczące wydawnictw konspiracyjnych. Szybko jednak praca ta zaczęła go irytować. „Jakie oni głupstwa pisali, jakie bzdury. Po trzech-czterech tygodniach nerwowo nie mogłem wytrzymać. Za to ludzie ginęli. Łączniczki to wszystko roznosiły i wpadały. Ja powiedziałem Makowieckiemu, że ja już nie mogę” – mówił w Mojej misji. Poprosił o szefa Wydziału Informacji BIP Jerzego Makowieckiego o przeniesienie go do nasłuchu radiowego.

Będąc w Warszawie, Karski nawiązał kontakt z Frontem Odrodzenia Polski animowanym przez bardzo podziwianą przez Jana Zofią Kossak-Szczucką. Biograf Karskiego, prof. Żbikowski, twierdzi, że prawdopodobnie Karski należał do FOP. Na pewno jeszcze przed opuszczeniem Polski zapoznał się ze słynnym Protestem! wystosowanym przez tę organizację. Wiadomo także, że to Karski miał wybadać Władysława Bartoszewskiego przed spotkaniem z Kossak-Szczucką w sierpniu 1942 r., decydując tym samym o dalszym zaangażowaniu Bartoszewskiego w działania Frontu i Żegotę, o czym ten ostatni opowiada w swojej książce Środowisko naturalne. Korzenie. 

Latem 1942 r. Karskiego wezwał delegat rządu na kraju Cyryl Ratajski, by dowiedzieć się, czy podejmie się kolejnej misji, tym razem do Londynu. Przedstawiciele stronnictw mieli już do Karskiego zaufanie i dlatego to jemu byli zdecydowani powierzyć zadanie dostarczenia rządowi w Londynie materiałów politycznych oraz raportu z sytuacji w Polsce. 

Cytat we wstępie pochodzi z przemówienia Jana Karskiego z okazji nadania mu tytułu doktora honoris causa Uniwersytetu Warszawskiego 18 czerwca 1991 r.