Próba samobójcza emisariusza ciężko nadwyrężyła jego zdrowie. Ze szpitala w Preszowie na Słowacji gestapo przeniosło go do szpitala w Nowym Sączu, gdzie nadal był bacznie obserwowany. Szybko jednak okazało się, że personel szpitala zaangażowany jest w konspirację, że to „uczciwi Polacy”, jak zapewniał Karskiego doktor Jan Słowikowski, zaprzysiężony żołnierz ZWZ. To on od samego początku powtarzał Karskiemu, by ten „wyglądał na obłożnie chorego” i zawyżał mu odczyty temperatury. Jego inicjatywą była również spowiedź Karskiego, w czasie której przekazał księdzu prośbę o kontakt z Zofią Rysiówną, która szybko pojawiła się w szpitalu w przebraniu zakonnicy. Ta z kolei przekazała informację znającym Karskiego socjalistom, Tadeuszowi Pilcowi i Józefowi Cyrankiewiczowi. Dzięki współpracy członków ZWZ z krakowskim oddziałem Polskiej Partii Socjalistycznej Karski odbity został ze szpitala i ukryty na wsi – najpierw w gajówce niedaleko Marcinkowic, potem siedem miesięcy ukrywał się w posiadłości Danuty i Ludwika Sławików we wsi Kąty pod Iwkową. 

Karski dopiero po wojnie dowiedział się, że za jego ratunek 21 sierpnia 1941 r. rozstrzelano 32 osoby bezpośrednio lub pośrednio związane z akcją odbicia go ze szpitala. Świadomość ta nie dawała mu spokoju do końca życia. Pięć osób, które pomagały w ucieczce „Witolda” zostało odznaczonych Krzyżami Walecznych przez gen. Stefana Roweckiego, komendanta głównego ZWZ 11 września 1941 r. 

Niezwykle sprawny przebieg całej akcji Karski relacjonował wielokrotnie, podkreślając odwagę i świetną organizację zaangażowanych w nią osób. W świadectwie o bohaterskich czynach mjr. rez. Jana Słowikowskiego spisanym 20 marca 2000 r. Jan Karski pisał: „Rola, jaką doktor Słowikowski odegrał w moim uwolnieniu, była wyjątkowa i wybitna. (…) Gdyby nie doktor Jan Słowikowski, nie byłoby późniejszego emisariusza Jana Karskiego, bowiem nigdy nie dożyłbym swojej misji z 1942 roku. Zginąłbym w Nowym Sączu od niemieckiej kuli, w torturach lub od własnowolnie zażytej trucizny”.