Już we wrześniu 1943 r. Karski został zdekonspirowany – jakiś niemiecki agent miał donieść do Europy o publicznych wystąpieniach emisariusza w USA, o czym podobno pisała także niemiecka prasa. Z Ameryki Jan Karski wrócił więc do Anglii, gdzie ponownie powierzono mu pracę w radiostacji „Świt”. Szybko jednak pojawiła się u ministra Kota myśl, że talenty retoryczne i propagandowe emisariusza można wykorzystać do stworzenia scenariusza filmu o polskim podziemiu. Ponieważ sytuacja Polski na arenie międzynarodowej była coraz gorsza, jedyną nadzieję na polepszenie jej widziano we wsparciu ze strony Stanów Zjednoczonych. W styczniu zapadła decyzja o wysłaniu Jana Karskiego z powrotem do USA, gdzie miał zająć się scenariuszem i organizacją produkcji propagandowego filmu.  

Karski wyruszył więc do Ameryki 21 lutego 1944 roku z kolejną misją propagandową. Już w marcu przygotowywał szkice artykułów o polskim podziemiu i swoich przygodach dla ważniejszych amerykańskich czasopism („Washington Post”, „Collier”, „Time”, „Life”). Szybko także nawiązał kontakt z agentem literackim Emerym Reevesem, który wcześniej edytował m.in. pisma Winstona Churchilla. Już 23 marca Karski depeszował do ministra Kota: „Firma Emery Reves (…) chce wydać książkę o polskim ruchu podziemnym na tle moich przeżyć. Ja daję materiał, a oni napiszą. Spodziewają się, że książka będzie sensacją. Opracowuję dla niej materiał – kwestia paruset stron. Jeśli się uda – wielka robota propagandowa. Czy Premier i Pan Profesor [Stanisław Kot – red.] akceptują? Z filmem jeszcze bez odpowiedzi. Nastroje w Hollywood dla tematów polskich nieprzychylne”. 

Po uzyskaniu zgody od rządu Karski przyspieszył prace i 30 czerwca w liście do Kota Karski pisał, że ukończył pierwszą wersję książki.  Donosił także, że wydawca ocenił jego tekst jako „właściwą książkę” – że „posiada on świeżość, ma dobry układ książkowy, napisany jest z dostatecznym talentem literackim i poza uzupełnieniem tłumaczeń (…) nadaje się do wydania”. Karski opisał w liście także taktykę przyjętą przez niego przy przedstawianiu spraw polskich w książce. W końcu listu odręcznie dopisał: „Jak Pan Minister zobaczy, książka w istocie jest niczem innym, jak pieśnią o Polsce, polskim ruchu podziemnym i zgraniem się Ruchu podziemnego z Rządem. […] Wszystko wskazuje więc na to, że książka będzie miała szansę, jeżeli w ogóle nie będzie sensacją”.

Oczekiwania Karskiego i jego wydawcy sprawdziły się: Tajne państwo (Story of a Secret State) ukazało się drukiem 28 listopada 1944 r. i od razu stało się bestsellerem. Już w następnym roku przetłumaczone zostało na norweski, szwedzki i islandzki, szybko też powstało francuskie wydanie (1948). Do końca roku 2011 ukazało się 17 wydań, m.in. po hiszpańsku, niemiecku, katalońsku i holendersku.

Choć książka Karskiego jest oparta na jego historii, pisząc ją w 1944 r. wiele spraw musiał zafałszować, zwłaszcza dotyczących ludzi, którzy wciąż jeszcze działali w podziemiu, by nie dawać wrogom możliwości odszyfrowania tożsamości konspiratorów czy miejsc ich spotkań. Ze względu na sytuację międzynarodową nie mógł również opisywać konfliktów politycznych i moralnych, jakie trwały w kraju – także antysemityzm Polaków i współpraca niektórych z nich z okupantem w niszczeniu narodu żydowskiego z oczywistych względów były tematem tabu. 

Po wydaniu książki Karski zaangażował się w wygłaszanie odczytów na temat Polskiego Państwa Podziemnego. Jak zauważa jednak prof. Żbikowski, odczyty te i spotkania szybko stały się problematyczne dla wydawców Karskiego, gdyż nie powstrzymywał się on od wygłaszania kategorycznych sądów na tematy polsko-sowieckie. W telegramie z 2 grudnia 1944 r. do Ministerstwa Informacji i Propagandy można przeczytać: „Karski rozpoczyna turę 1-go grudnia, pod auspicjami wydawców. K. ma propozycje, ale kontraktu nie podpisał, gdyż agencje wymagają, aby odpowiadać na pytania audytorium. Prelegent polski jest zawsze pytany o stosunkach [sic] polsko-sowieckich. Agencje chcą unikną odpowiedzi o charakterze kontrowersji, K. zaś chce mieć możność interpretacji naszych wskazań rządu”. Odpowiedź ministra Kota nadeszła po dziewięciu dniach: „W związku z ukazaniem się książki Karskiego, uważam, że powinien być użyty w najszerszych rozmiarach do akcji odczytowej. Nie powinien się obawiać odpowiedzi na pytania, o ile będzie to czynić uczciwie i prosto”.

Odwaga wyrażania własnego zdania i nieukrywania niewygodnej prawdy przysporzyła mu w czasie odczytów wielu kłopotów i nieprzyjemności. To jednak był też jeden z powodów, dla których Karski został potem chętnie przyjęty do School of Foreign Service na Uniwersytecie Georgetown, gdzie przez lata wykładał o rządach i polityce krajów Europy Środkowo-Wschodniej oraz komunistyczną teorię z głównymi zasadami marksizmu i leninizmu.