Jan Karski jako emisariusz polityczny wyruszył do Francji 20 stycznia 1940 r. Głównym celem wyprawy było przekazanie Rządowi RP w Angers oraz odpowiednim ministrom materiałów zleconych mu przez brata, komendanta Policji Państwowej oraz propozycji Centralnego Komitetu Organizacji Niepodległościowych, by generał Sikorski poparł kandydaturę Ryszarda Świętochowskiego na delegata rządu na kraj.

Jak podkreśla biograf Karskiego prof. Andrzej Żbikowski, młody Kozielewski nie orientował się jeszcze wówczas w strukturze podziemia, w wojskowych i politycznych intrygach, w których w tak początkowym stadium nie do końca było wiadomo, kto jest naprawdę ważny. Jednak sumienność i rzetelność, z jaką Karski przekazywał wszystkie informacje mu powierzone, zostały dostrzeżone przez rząd we Francji, a przede wszystkim ministra spraw wewnętrznych Stanisława Kota. Minister szybko zorientował się, że Karski jest inteligentnym i uzdolnionym mówcą i że świetnie nadaje się nie tylko na emisariusza, ale i na człowieka od propagandy – zaczął go więc szkolić dodatkowo w czasie spotkań z francuskimi dziennikarzami, o czym wspomina Karski w wywiadzie dla Macieja Wierzyńskiego.

Młody emisariusz był także wnikliwym obserwatorem: w czasie podróży uważnie notował nastroje i zachowania społeczeństwa, co następnie spisał w raporcie dla rządu sporządzonym w drugiej połowie lutego 1940 r., po przybyciu do Francji. Jego notatki oddają nastrój, jaki panował wtedy w kraju:

„Pociągi są przepełnione. Pasażerami przeważnie: 1) handlarze żywnością, 2) mieszkańcy Generalnego Gubernatorstwa, podróżujący z większych miast na prowincję po zakup żywności, odzieży, opału, itp., 3) Żydzi. (…) Dworce i stacje są przepełnione. W ogóle Generalne Gubernatorstwo robi wrażenie obszaru, na którym dokonywają się niekończące się wędrówki mieszkańców. Nieomal każdy kogoś szuka lub radby znaleźć, każdy dokądś chciałby jechać, gdzieś coś zakupić, sprzedać, idziesz urządzić się itp.”

W tym samym raporcie można też przeczytać szczegóły przeprawy Karskiego z Warszawy do Angers – przez Kraków, Zakopane, na nartach przez Beskidy, pieszo i samochodem przez Słowację aż do Budapesztu. Stamtąd pociągiem do Modane we Francji przez Jugosławię i Włochy. Cała podróż Karskiego – którą tym razem odbył pod pseudonimem Jan Kanicki – z Warszawy do Angers odbyła się niezwykle spokojnie jak na warunki wojenne, ale trwała prawie miesiąc (Karski dotarł do Angers w ostatnich dniach lutego).

Raport spisany przez Karskiego w końcu lutego 1940 r. zawiera również część poświęconą „zagadnieniu żydowskiemu w kraju”, gdzie we wstępie autor zastrzega: „Zagadnienia żydowskiego specjalnie w kraju nie studiowałem. Elementy, które posiadam, są to przede wszystkim fakty powszechnie znane, obserwacje nastrojów i nieco rozmów z Żydami i o Żydach”. Cztery strony raportu powstały w dwóch wersjach: jednej ostrzej, a drugiej łagodniej opisującej negatywny stosunek Polaków do Żydów. Poprawki te dokonane były zapewne przez Karskiego na wskazanie ministra Kota. Co ciekawe, na co zwraca uwagę prof. Żbikowski, opisując tę część raportu Karskiego, przeredagowane zostały jedynie opisy stosunków polsko-żydowskich pod okupacją niemiecką, informacje o sytuacji pod zaborem sowieckim zostały bez zmian. Więcej o tej części raportu czytaj tutaj. 

W czasie pobytu Karskiego we Francji profesor Kot zaproponował mu, żeby podjął się kolejnych prac dla rządu i wrócił do kraju, by przekazać materiały rządowe dotyczące planowanej struktury polskiego podziemia. Kot przekazał mu informację, że 26 lutego 1940 r. powstał Polityczny Komitet Porozumiewawczy, którego reprezentantami byli komendant Związku Walki Zbrojnej płk. Rowecki „Grot” oraz przedstawiciele Stronnictwa Narodowego, Stronnictwa Ludowego i Polskiej Partii Socjalistycznej. Karski miał im przekazać trzy najważniejsze zasady: jak ma wyglądać współpraca czterech głównych stronnictw konspiracyjnych, zasady wyboru kandydatur na delegata rządu i trzech delegatów prowincjonalnych oraz „ustalenie zasad współpracy i współzależności między Delegatem Rządu, Porozumieniem Stronnictw i niedawno mianowanym Komendantem Głównym Armii Krajowej [płk. Rowecki]” (Raport z misji Jana Karskiego w r. 1940, s. 5).

Karski wyruszył w drogę powrotną do kraju właściwie tą samą drogą – z Francji przez Włochy i Jugosławię do Budapesztu, dokąd dotarł 28 lub 29 kwietnia 1940 r. Jak twierdzi prof. Żbikowski, Jan Karski był najprawdopodobniej pierwszym emisariuszem politycznym rządu, który przedarł się do okupowanego kraju. A udało mu się to tą samą drogą – przez Słowację, Zakopane aż do Krakowa, gdzie odbył już pierwsze rozmowy z przedstawicielami stronnictw, które były jego kolejną misją.