Po powrocie ze swojej pierwszej misji do Francji Karski dostał kolejne zadanie – miał spotykać się z przywódcami podziemia politycznego w Polsce i przekazać im wymyśloną przez rząd na uchodźctwie koncepcję struktury Polskiego Państwa Podziemnego. W tym celu trzeba było zorganizować posiedzenie porozumienia stronnictw – Stronnictwa Ludowego, socjalistów i Stronnictwa Narodowego. Kurier przekazał propozycję rządu, jednak nie wszystko zostało dobrze przyjęte przez przedstawicieli stronnictw. Brak zgody między reprezentantami świata politycznego sprawił, że Karski wyruszył do Francji z ciężkim sercem. Nie było to jednak jedyne zmartwienie kuriera: w Krakowie Karski został przymuszony do wzięcia ze sobą kliszy z dokumentami. Polegając dotychczas tylko na swojej pamięci, Karski był bardzo niechętny przewożeniu czegokolwiek, co było bezpośrednim dowodem jego zaangażowania w konspirację. 

W czasie przeprawy z Nowego Sącza do Koszyc wyjątkowo niekorzystna pogoda zmusiła Karskiego i jego przewodnika, by zatrzymali się na jedną noc w Przeszowie u przekupionego przez podziemie Słowaka. Niestety okazało się, że nie tylko podziemie go przekupiło… Karski schwytany został przez gestapo. Torturowany, bojąc się, że zdradzi, co wie, próbował popełnić samobójstwo, szybko jednak stracił przytomność. Obudził się w słowackim szpitalu, następnie gestapo przewiozło go do szpitala w Nowym Sączu. Tam zaś trafił pod opiekę doktora Jana Słowikowskiego, który wraz z innymi pracownikami działał w AK. Karski opowiada Maciejowi Wierzyńskiemu o tym, jak został uratowany, ukryty i jak zaczął pracować w Biurze Informacji i Propagandy AK. 

"Druga misja" to część wywiadu przeprowadzonego z Janem Karskim przez Macieja Wierzyńskiego w Waszyngtonie w roku 1995. Na podstawie tego wywiadu-rzeki powstaje książka Macieja Wierzyńskiego, która jesienią 2012 r. ukaże się nakładem Wydawnictwa Naukowego PWN.