Po obronie doktoratu pozostał na uczelni, gdzie aż do emerytury prowadził wykłady w prestiżowej Szkole Służby Zagranicznej (School of Foreign Service), która wykształciła wiele pokoleń amerykańskich elit politycznych. Jego studentem był m.in. Bill Clinton, prezydent Stanów Zjednoczonych w latach 1993-2001. Karski napisał tam m. in. swoją najważniejszą akademicką pracę "Wielkie mocarstwa wobec Polski 1919-1945. Od Wersalu do Jałty".